1967年11月，彭德怀专案组归分工军委系统的中央专案组第二办公室掌管。彭德怀专案组是二办所辖专案中最重要的部分，管辖被认为是彭德怀“黑线”的17个对象：彭德怀、黄克诚、谭政、李锐、张闻天、王平、苏振华、李志民、杨勇、刘震、钟期光、饶正锡、洪学智、邓华、万毅、吴自立、浦安修。
黄克诚和彭德怀一样，先被关在五棵松，后又被转到罗道庄。在五棵松，一天，黄克诚从他的高度近视眼镜片后发现哨兵押过一个衣服褴褛的人，正是他“经常相逢在梦中”的彭老总--彭德怀。黄克诚常常反抗监管，一次（也许是故意）在院中和监管人员顶撞起来，大吵大骂，彭德怀听出是老战友黄克诚的声音，激动得紧贴到窗户上去听。在批斗的高潮中，黄克诚常和彭德怀被押在同一串车上游街，被“揪”在同一个台上挨斗，在目光中交换心声，共同承受这一时代的疯狂。
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黄克诚在1994年出版的《黄克诚自述》中回忆到他和彭德怀一起被大会批斗的情况说：“6月底7月初召开了我们的斗争会，我和有关的同案人才得以见面。被斗的人中，彭德怀年纪最大，我很担心他吃不消，常常抬起头来看望他，这时造反派监视人员就狠狠地把我的头压下去。为此三番五次，他们就骂我不老实。”就在这样的时刻，老战友黄克诚仍然关心着他。
“大批斗”的暴虐过去了，1968年开始了一场更为残酷的、隐秘的斗争--审讯。
中央专案领导小组的要求是对所押“案犯”在春节前定案，提出要“只争朝夕”，“歼灭战一定要打下来”。
1967年9月28日至12月6日，专案组8次审讯彭德怀的入党问题，目标是“彭德怀是假党员”。然而，彭德怀在1928年平江起义后给党中央写的报告中，明明写着“入党三阅月”。专案组初战失利。从新年开始，又突击审讯彭德怀所谓“里通外国”问题。彭德怀对专案组提出抗议：“对我的审查，用党内同志式的谈问题可以。审讯式的，拒绝谈问题。”主审人答：“对你就是这样，你要老实认罪。”对专案组来说，彭德怀是敌人，并非同志。
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